Index
| aligned | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| alignmentModeInfernal | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| blastDatabase | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| blastDatabaseSize | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| blastSoftmaskingToggle | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| buildSequenceViaMD5Query | Bio.RNAcentralHTTP |
| buildStringViaMD5Query | Bio.RNAcentralHTTP |
| candidates | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| checkNCBIConnection | Bio.RNAlienLibrary |
| checkTaxonomyRestriction | Bio.RNAlienLibrary |
| checkTools | Bio.RNAlienLibrary |
| CMsearch | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| CMsearchHit | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| cmsearchHits | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| cmSearchsubString | Bio.RNAlienLibrary |
| CMstat | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| compareCM | Bio.RNAlienLibrary |
| constructTaxonomyRecordsCSVTable | Bio.RNAlienLibrary |
| count | Bio.RNAcentralHTTP |
| coverageFilterToggle | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| cpuThreads | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| createSessionID | Bio.RNAlienLibrary |
| evaluateConstructionResult | Bio.RNAlienLibrary |
| evaluePartitionTrimCMsearchHits | Bio.RNAlienLibrary |
| evalueThreshold | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| getRNACentralEntries | Bio.RNAcentralHTTP |
| hitBias | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitDescription | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitEnd | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitEvalue | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitGCContent | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitModel | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitRank | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitScore | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitSequenceHeader | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitSignificance | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitStart | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitStrand | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| hitTruncation | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| inputFasta | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| iterationNumber | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| length | Bio.RNAcentralHTTP |
| lengthFilterToggle | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| logEither | Bio.RNAlienLibrary |
| logMessage | Bio.RNAlienLibrary |
| logToolVersions | Bio.RNAlienLibrary |
| md5 | Bio.RNAcentralHTTP |
| modelConstructer | Bio.RNAlienLibrary |
| ModelConstruction | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| next | Bio.RNAcentralHTTP |
| nSCICutoff | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| nucleotideSequence | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| numberOfWorkerThreads | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| parseCMSearch | Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| parseCMSearches | Bio.InfernalParser |
| parseCMstat | Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| potentialMembers | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| preprocessClustalForRNAcodeExternal | Bio.RNAlienLibrary |
| preprocessClustalForRNAz | Bio.RNAlienLibrary |
| preprocessClustalForRNAzExternal | Bio.RNAlienLibrary |
| previous | Bio.RNAcentralHTTP |
| publications | Bio.RNAcentralHTTP |
| queryCMfile | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| queryNumber | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| querySelectionMethod | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| readCMSearch | Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| readCMSearches | Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| readCMstat | Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| recordDescription | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| recordTaxonomyId | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| reformatFasta | Bio.RNAlienLibrary |
| relativeEntropyCM | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| relativeEntropyHMM | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| results | Bio.RNAcentralHTTP |
| resultSummary | Bio.RNAlienLibrary |
| RNAcentralEntry | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAcentralHTTP |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAcentralHTTP |
| RNAcentralEntryResponse | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAcentralHTTP |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAcentralHTTP |
| rnaCentralHTTP | Bio.RNAcentralHTTP |
| rnacentral_id | Bio.RNAcentralHTTP |
| rnaZEvalOutput | Bio.RNAlienLibrary |
| SearchResult | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| selectedQueries | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| sequence | Bio.RNAcentralHTTP |
| SequenceRecord | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| sequenceRecords | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| sessionID | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| setInitialTaxId | Bio.RNAlienLibrary |
| setVerbose | Bio.RNAlienLibrary |
| showRNAcentralAlienEvaluation | Bio.RNAcentralHTTP |
| singleHitperTaxToggle | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statAccession | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statBasepairs | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statBifurcations | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statConsensusLength | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statEffectiveSequences | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| StaticOptions | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statIndex | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statModel | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statName | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statSequenceNumber | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| statW | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| systemCMsearch | Bio.RNAlienLibrary |
| targetSequenceDatabase | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| taxonomicContext | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| TaxonomyRecord | |
| 1 (Type/Class) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| 2 (Data Constructor) | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| taxRecords | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| taxRestriction | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| tempDirPath | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| upperTaxonomyLimit | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| url | Bio.RNAcentralHTTP |
| userTaxId | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| verbositySwitch | Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary |
| xrefs | Bio.RNAcentralHTTP |