samtools-0.2.3: Binding to the C samtools library

Index

auxGetBio.SamTools.Bam
auxGetABio.SamTools.Bam
auxGetdBio.SamTools.Bam
auxGetfBio.SamTools.Bam
auxGetiBio.SamTools.Bam
auxGetZBio.SamTools.Bam
Bam1Bio.SamTools.Bam
Cigar 
1 (Type/Class)Bio.SamTools.Cigar
2 (Data Constructor)Bio.SamTools.Cigar
cigarBio.SamTools.Cigar
cigarsBio.SamTools.Bam
cigarToAlignmentBio.SamTools.Cigar
cigarToSpLocBio.SamTools.Cigar
CigarTypeBio.SamTools.Cigar
close 
1 (Function)Bio.SamTools.FaIdx
2 (Function)Bio.SamTools.BamIndex
closeInHandleBio.SamTools.Bam
closeOutHandleBio.SamTools.Bam
DelBio.SamTools.Cigar
fetchBio.SamTools.FaIdx
fetchLocBio.SamTools.FaIdx
filenameBio.SamTools.FaIdx
get1Bio.SamTools.Bam
HardClipBio.SamTools.Cigar
HeaderBio.SamTools.Bam
HeaderSeq 
1 (Type/Class)Bio.SamTools.Bam
2 (Data Constructor)Bio.SamTools.Bam
idxFilenameBio.SamTools.BamIndex
IdxHandleBio.SamTools.BamIndex
idxHeaderBio.SamTools.BamIndex
InHandle 
1 (Type/Class)Bio.SamTools.FaIdx
2 (Type/Class)Bio.SamTools.Bam
inHeaderBio.SamTools.Bam
InsBio.SamTools.Cigar
insertSizeBio.SamTools.Bam
isDupBio.SamTools.Bam
isMateReverseBio.SamTools.Bam
isMateUnmapBio.SamTools.Bam
isPairedBio.SamTools.Bam
isProperPairBio.SamTools.Bam
isQCFailBio.SamTools.Bam
isRead1Bio.SamTools.Bam
isRead2Bio.SamTools.Bam
isReverseBio.SamTools.Bam
isSecondaryBio.SamTools.Bam
isUnmapBio.SamTools.Bam
lenBio.SamTools.Bam
lengthBio.SamTools.Cigar
lookupTargetBio.SamTools.Bam
MatchBio.SamTools.Cigar
matchDescBio.SamTools.Bam
matePositionBio.SamTools.Bam
mateTargetIDBio.SamTools.Bam
mateTargetLenBio.SamTools.Bam
mateTargetNameBio.SamTools.Bam
nameBio.SamTools.Bam
nextBio.SamTools.BamIndex
nHitsBio.SamTools.Bam
nMismatchBio.SamTools.Bam
nTargetsBio.SamTools.Bam
open 
1 (Function)Bio.SamTools.FaIdx
2 (Function)Bio.SamTools.BamIndex
openBamInFileBio.SamTools.Bam
openBamOutFileBio.SamTools.Bam
openTamInFileBio.SamTools.Bam
openTamInFileWithIndexBio.SamTools.Bam
openTamOutFileBio.SamTools.Bam
OutHandleBio.SamTools.Bam
outHeaderBio.SamTools.Bam
PadBio.SamTools.Cigar
positionBio.SamTools.Bam
put1Bio.SamTools.Bam
QueryBio.SamTools.BamIndex
queryBio.SamTools.BamIndex
queryLengthBio.SamTools.Bam
queryNameBio.SamTools.Bam
queryQualBio.SamTools.Bam
querySeqBio.SamTools.Bam
qyHandleBio.SamTools.BamIndex
readBamRegionBio.SamTools.BamIndex
readBamsBio.SamTools.Bam
readLocBio.SamTools.FaIdx
refSeqLocBio.SamTools.Bam
RefSkipBio.SamTools.Cigar
refSpLocBio.SamTools.Bam
SoftClipBio.SamTools.Cigar
targetIDBio.SamTools.Bam
targetLenBio.SamTools.Bam
targetNameBio.SamTools.Bam
targetSeqBio.SamTools.Bam
targetSeqLenBio.SamTools.Bam
targetSeqListBio.SamTools.Bam
targetSeqNameBio.SamTools.Bam
toCigarBio.SamTools.Cigar
withBamInFileBio.SamTools.Bam
withBamOutFileBio.SamTools.Bam
withFastaIndexBio.SamTools.FaIdx
withIndexBio.SamTools.BamIndex
withTamInFileBio.SamTools.Bam
withTamInFileWithIndexBio.SamTools.Bam
withTamOutFileBio.SamTools.Bam